Es ist mit großer Wahrscheinlichkeit anzunehmen, dass schon während des 30-jährigen Krieges, also vor der barocken Umgestaltung der Martinskirche, eine kleine Orgel auf einer Empore eingebaut worden war. Als Erbauer dieser Orgel könnte vielleicht TOBIAS EBERLIN in Frage kommen, der in Ulm um 1630 als Stadtmusikus und Orgelmacher tätig war.
Ein gewisser Schulmeister JÖRG SCHUHMACHER war von 1626 bis zu seinem Tod im Jahr 1658 in Langenau als alleiniger Lehrer tätig. Es wurde in dieser Zeit vor Gericht verhandelt, ob wegen der hohen Schüleranzahl im „Unteren Dorf“ ebenfalls eine Schule eingerichtet werden solle. Das Gesuch wurde jedoch abgelehnt und SCHUHMACHER musste zusätzlich „[…] von 1636 an auch die Orgel schlagen und Lieder einüben […]“.

Ein weiterer Anhaltspunkt auf eine Orgel ist den Kirchenakten aus dem Jahr 1678 zu entnehmen. Dort ist vermerkt, dass zwei „Orgelblaßbalgzieher“ entlohnt wurden. Außerdem hielt sich im Jahre 1685 „der Herr Organist von Ulm sambt seinem Sohn“ drei Tage in Langenau auf.